九江市妇幼保健院小儿外科分为东西两个院区，设立腹部、骨科、新生儿、泌尿、心胸、脑外、烫伤等亚专科，拥有九江市唯一的小儿普外、小儿骨科、新生儿外科三个省市共建重点专科。腹部外科常规开展小儿包皮、斜疝、先天性巨结肠症、先天性胆总管扩张症、肠旋转不良、畸胎瘤、肠套叠、阑尾炎等的治疗。小儿骨科方面常规开展发育型髋关节发育不良、马蹄内翻足、肌性斜颈、脑瘫、各种骨折的微创治疗。泌尿外科常规开展尿道下裂、隐睾、肾积水、肾胚胎瘤、睾丸肿瘤、巨输尿管症、膀胱输尿管返流等病的治疗。新生儿外科常规开展先天性胃壁肌层缺损、肛门闭锁、肠闭锁、肥厚性幽门狭窄、食道裂孔疝、膈疝、脐膨出等病治疗。小儿心胸外科常规开展各型小儿先天性心脏病的手术治疗。科室小儿骨科、心胸外科为上海市儿童医学中心协作科室，定期有该院专家往我院坐诊及手术。是九江市肢体矫形免费救助定点机构。